Hoewel het Neustherapie apparaat veel positieve punten heeft, zijn er ook duidelijke beperkingen. Ten eerste is het geen vervanger voor medische behandeling: bij ernstige rhinitis, chronische sinusitis, bloedneuzen of onderliggende allergieën biedt het apparaat geen structurele oplossing; het werkt vooral symptoomgericht en tijdelijk. Sommige gebruikers verwachten te veel directe, blijvende genezing, wat kan leiden tot teleurstelling.
Een ander minpunt is dat de effectiviteit sterk varieert tussen individuen. Waar de ene gebruiker na enkele sessies verlichting ervaart, merkt een ander nauwelijks verschil. Deze variatie lijkt afhankelijk van de oorzaak en ernst van de verstopping en van individuele fysiologische verschillen, iets wat vooraf moeilijk in te schatten is zonder medische diagnose.
Verder zijn er praktische nadelen: sessies vereisen consistentie — eenmalig gebruik levert meestal weinig op. Voor sommige gebruikers kan het noodzakelijk zijn om meerdere keren per dag korte behandelingen uit te voeren om een merkbaar effect te behouden, wat tijd en discipline vraagt. Tot slot is er een kleine leercurve in het correct plaatsen van de tip; bij onvoorzichtig gebruik kan het oncomfortabel aanvoelen. Hoewel de bijgeleverde instructies helder zijn, ontbreekt uitgebreide klinische documentatie direct bij het product, wat sommige gebruikers kan afschrikken die op zoek zijn naar wetenschappelijk onderbouwde claims.